A Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa executa atividades de investigação nos seguintes domínios:
A arquitetura do sistema de investigação na Faculdade de Ciências é complexa, tanto na relação entre unidades e departamentos da FCUL, como no envolvimento de outras faculdades, universidades e institutos de investigação.
A investigação está organizada em unidades de investigação, com diferentes designações: centros, laboratórios e institutos. Estas unidades associam investigadores de diversos departamentos da Faculdade e incluem ainda muitos investigadores (cerca de 30%) de outras Universidades portuguesas ou estrangeiras.
Grande parte destas unidades faz parte do sistema de unidades de investigação que tem sido financiado pela Fundação para a Ciência e Tecnologia. Algumas unidades integram atualmente Laboratórios Associados, da órbita da Universidade de Lisboa (Instituto Dom Luiz), ou de outras instituições do ensino superior. Algumas dezenas de investigadores da FCUL estão ainda ligados a outras unidades não associadas à FCUL.
Para além das unidades associadas à FCT, a Faculdade de Ciências tem ainda uma unidade de Transferência de Conhecimento e Tecnologia cujo financiamento é inteiramente obtido por contratos de I&D e de engenharia diversos, e alguns laboratórios de I&D funcionalmente independentes e integrados nos Departamentos.
A gestão da grande maioria dos projetos e contratos de investigação é assegurada pela Fundação da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa.
Passeio da Ciência - um convite para um deambular pela ciência que é produzida na Faculdade