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Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa

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Professor Auxiliar, Investigador do Centro de Química e Bioquímica (CQB) da Universidade de Lisboa

 

 

 

 

Habilitações Académicas

 

Doutoramento em Bioquímica (Bioquímica Teórica), UL, 2003; Licenciatura em Bioquímica, FCUL, 1989

 

Actividade Docente /Teaching

 

Bioquímica Computacional, Análise e Tratamento de Dados em Bioquímica, Enzimologia, Estrutura e Função de Proteínas, Simulação Bioquímica, muitas outras disciplinas, no passado, e orientação de mestrados e doutoramentos.

 

Interesses Científicos

A Bioquímica Computacional é a principal interesse científico de A. Ferreira. Esta área inclui um conjunto de várias disciplinas que vão desde a Bioinformática à Biologia e Bioquímica de sistemas. Especificamente, A. Ferreira tem estado envolvido no desenvolvimento e análise de modelos matemáticos de redes metabólicas, na proteómica computacional e no desenvolvimento de software. Parte da sua dissertação de doutoramento consistiu no desenvolvimento de um modelo da cinética da reacção de Maillard in vivo (a modificação não enzimática de proteínas por glúcidos redutores). Este trabalho evoluiu para um estudo sistemático dos metabolismo do metilglioxal e dos processos de glicação na levedura e no parasita Leishmania infantum, por modelação cinética e simulação. Um interesse recente tem sido o desenvolvimento de novos métodos de identificação de proteínas com base em dados de espectrometria de massa de alta resolução. A. Ferreira é o autor do programa PLAS, um software para a análise de modelos de redes biológicas baseados em equações diferenciais ordinárias. PLAS é usado em universidades em todo o mundo, especialmente no ensino da modelação matemática de sistemas biológicos, e está incluído no livro “Computational Analysis of Biochemical Systems”, (por E.O.Voit, Cambridge University Press).

 

Scientific Interests

Computational Biochemistry is the main scientific interest. This field encompasses a broad range of disciplines ranging from bioinformatics to systems biology and systems biochemistry. A. Ferreira has been specifically involved in the development and analysis of mathematical models of biochemical networks, computational proteomics and software development. As part of the PhD. thesis, A. Ferreira developed a kinetic model of the kinetics of the Maillard Reaction in vivo (the spontaneous modification of proteins by reducing sugars). This work has evolved towards the understanding of methylglyoxal metabolism and protein glycation in yeast and the parasite Leishmania infantum by modeling and computer simulation. Another line of research is the development of new protein identification algorithms based on high-accuracy mass spectrometry data. A. Ferreira is the author of PLAS, a software package for ODE based modeling of biological networks. PLAS is used in universities all over the world, especially in mathematical modeling courses and is included in the book "Computational Analysis of Biochemical Systems", (by E.O.Voit, Cambridge University Press).

 

Projectos em Curso / On-going Projects

 

 

Publicações Relevantes / Selected Publications

 

Enzyme classification with peptide programs: a comparative study. D. Faria, A. E. Ferreira, A. O. Falcão,  BMC Bioinformatics, 24, 231, 2009, doi: 10.1186/1471-2105-10-231.

 

Protein glycation in vivo: functional and structural effects on yeast enolase. Gomes R.A, Oliveira L.M., Silva M., Ascenso C, Quintas A., Costa G., Coelho A.V., Sousa Silva M., Ferreira A.E., Ponces Freire A., Cordeiro C., Biochemical Journal, 416, 317-326, 2008. doi:10.1042/BJ20080632

 

Yeast protein glycation in vivo by methylglyoxal Molecular modification of glycolytic enzymes and heat shock proteins. Gomes, R., Vicente Miranda, H., Sousa Silva, M., Graça, G., Coelho, A. V., Ferreira, A.E.N., Cordeiro, C., Ponces Freire, A. FEBS Journal, 273, 5273-5287, 2006. DOI: 10.1111/j.1742-4658.2006.05520.x

 

Quantitative assessment of the glyoxalase pathway in Leishmania infantum as a therapeutic target by modelling and computer simulation. Sousa Silva, M. , Ferreira, A.E.N., Tomás, A.M., Cordeiro, C., Ponces Freire, A. , FEBS Journal, 272(10): 2388-2398, 2005. DOI: 10.1111/j.1742-4658.2005.04632.x

 

A quantitative model of the generation of N-e-carboxymethyl-lysine in the Maillard reaction between collagen and glucose. Ferreira, A.E., Ponces-Freire, A. and Voit, E.O. Biochem. J. 376 : 109-121, 2003. DOI 10.1042/BJ20030496