A oferta pedagógica da Faculdade de Ciências está estruturada em ciclos, de acordo com as regras do processo de Bolonha. A FCUL oferece cursos de 1º, 2º e 3º ciclos, bem como cursos de especialização e de atualização.
Muitos cursos são conduzidos por vários departamentos da Faculdade, e diversos são oferecidos em conjunto com outras faculdades da Universidade de Lisboa ou de outras Universidades - ver diagrama.
Os cursos oferecidos pela Faculdade de Ciências organizam-se em 9 grandes agrupamentos temáticos:
Nota: Os planos de estudo disponibilizados são atualizados anualmente em julho para o ano letivo seguinte.